J'ai fait quelques recherches et en allant dans TVA puis justificatifs (je suis en franchise en base de TVA, déclaré correctement dans les paramètres de Gestan), voici ce que je vois :

Les factures qui posent problèmes sont les factures ou apparait la petite marque bleue dans la colonne S. Si je comprends bien, il y a un souci de ventilation ici.
En choisissant la fonction ventilation sur une de ces 4 factures, voici ce que j'obtiens :

La première ligne correspond à la prestation de service. La seconde ligne correspond au commerce. Cette seconde ligne est donc par défaut mise en prestation de service. Si je modifie manuellement pour la mettre en commerce, cela corrige le problème cité dans mon premier message.
Mes connaissances de Gestan sont faibles, je ne me souviens pas d'avoir modifié quoi que ce soit dans Gestan pouvant expliquer ce petit souci, mais j'ai certainement du faire une bêtise à un moment ou à un autre. La question est quoi ? :)