Les deux sont possibles, l'avantage de continuer sur la même base est que vous aurez l'historique de vos clients. Sauf évidemment si vous avez un sacré bazar dans vos fichiers, dans ce cas repartez sur une nouvelle.
Ce que je vous suggère, si le bazar n'est pas atroce, c'est de faire un backup de la base autoentreprise à la clôture, puis de modifier le paramétrage (taux de TVA, informations société), et de continuer sur la même. Si cela pose problème, vous allez le voir très vite, il suffira juste de repartir sur une base vierge, et vous aurez le backup de l'autoentreprise.
Bâtichiffrage va fonctionner pareil. Vous en êtes content, super-content, ou ultra-content de ouf ?