Normalement non, dans l'affichage, on prend les montants HT et TTC, la TVA est calculée par différence, cela ne doit pas poser de problème, en théorie. Pour l'écran d'encaissement, le calcul est effectué depuis les montants bruts des pièces, pas d'arrondi, normalement aucun problème.
Dans votre cas, il faut vérifier chacune des deux pièces, et voir s'il n'y a pas un pb d'arrondi biscornu dans l'une ou l'autre. Eventuellement, recalculez-les individuellement, en partant soit du HT soit du TTC mais pas des deux. Si cela pose encore problème, on peut étudier cela de plus près, transmettez vos données au support.