Chacun voit midi à sa porte, dans ces cas là mais pour moi-même, j'aurai fait au plus simple, en sachant qu'il est possible d'enregistrer directement des mouvements de stock, et de les rattacher ensuite à une pièce.
Disons pour l'exemple que vous avez facturé et déstocké un produit A mais livré à tort un produit B.
Le plus simple est d'enregistrer directement un mouvement de stock en entrée de B (le retour client), et de sortie de A (la sortie du bon produit), et de rattacher les deux à la même facture, si vous voulez conserver la trace de l'erreur de livraison. Si cette trace ne vous intéresse pas, vous pouvez aussi supprimer la sortie de B et la remplacer par A. Pour l'avoir, la désignation d'un produit n'est qu'informative, mais n'a aucune incidence sur le stock.
Pour votre question 2, la sortie de stock faite par le BL est seulement une sortie, par un retour en plus.