Bon, modification de ma réponse. En fait, la référence extérieure est bien prise en compte, mais c'est la référence extérieure de la facture, et non du client ! Donc il n'y a pas d'anomalie là dessus.
Mais comme on est pas des sauvages, on vous a mis les options Nature et vRef dans la version 46.06 qui sera disponible en production dès cette fin de journée.