La partie rouge, c'est la zone v/Ref, soit "vos références". Pour nous, c'est normal de ne pas la dupliquer : même si c'est une facture dupliquées, elle aura un autre numéro, et elle est censée avoir (du moins majoritairement), une référence différente.
(Votre logo est joli, je pense qu'il serait encore plus joli sans ce fond rouge clair. D'autre part, vous pourriez aussi imprimer vos coordonnées IBAN dans les factures, c'est maintenant un standard pour les règlements)
Pour ce qui est de FONCIA, il faut déjà savoir ce qu'ils utilisent comme type de reconnaissance (OCR ou Factur-X), et connaître l'endroit où ça bloque de leur côté (je suppose qu'ils ont un message d'erreur dans Millénium) : on ne peut pas guérir une maladie sans commencer par la phase examen clinique !