Bonsoir,
Concernant le taux de TVA pour les frais de port, le module prend comme taux de TVA celui qui lui est envoyé par la boutique. Pour exemple, sur la commande n°16227 de votre boutique, les frais de port FEDEX sont de 17€, mais avec une taxe de 0€ (ce sont les données renvoyées par l'API)

Si vous voyez autre chose sur le backoffice de votre boutique, pouvez-vous m'envoyer une capture d'écran ?
Concernant le numéro de TVA intracommunautaire, et sauf erreur de ma part, cette donnée n'est pas gérée par Woocommerce mais par un module complémentaire. Aussi, en fonction du module utilisé, les données ne sont pas toujours "rangées" de la même manière chez tout le monde. Je vous envoi un mail avec le module qui permet de correspondre à votre site Internet.
Cordialement,